У мя точно такая же проблема. Баг-репорты надо писать сюда: https://github.com/Dreamfinity/Dreamfinity-Tracker/issues
Мой репорт, кст: https://github.com/Dreamfinity/Dreamfinity-Tracker/issues/103
Каким образом вы его потеряли?
Для случаев, когда корабль телепортировался пока вас в нем не было, можно использовать телепорт из Mekanism
https://wiki.aidancbrady.com/wiki/Portable_Teleporter
https://wiki.aidancbrady.com/wiki/Teleporter